پس از پیروزی انقلاب، به فرمان حضرت امام(ره)به امامت جمعه یزد منصوب شد و در تعمیر 18 مسجد، تاسیس و تعمیر 19 مدرسه علوم دینی، تاسیس سازمانهای خیریه و بنیاد صدوق قم به مساحت 220 هزار متر مربع و ... نقش داشت.
به دلیل تاثیرگذاری فراوان در جریان انقلاب از خشم و کینه دشمن در امان نماند و در رمضان سال 1360 (ه . ش) بعد از نماز پرشکوه جمعه، مورد حمله منافقین قرارگرفت و در سن 75 سالگی شربت وصال محبوب را سرکشید.
به گزارش برنا شهید محمد صدوقی خود را اینگونه معرفی می کند:«در سال 1327 هجری قمری، 75 سال پیش، در خانواده‌‌ای روحانی در یزد متولد شدم. پدرم مرحوم آقا میرزا ابوطالب، یکی از روحانیون معروف این استان بود و در مسجد روضه محمدیه سمت امامت داشت و مرجعیت تامه برای کارهایی که مردم داشتند، از اسناد و قبالجات و بطور کلی کارهایی که در آن دوره به دست روحانیت بود، تخصص فوق‌العاده‌ای داشت. کمتر کسی در این استان می‌توانست مثل ایشان اسناد شرعیه تنظیم کند.
پدرم فرزند مرحوم میرزا محمدرضا کرمانشاهی، یکی از علمای بزرگ این استان بود و ایشان هم فرزند مرحوم آخوند ملا محمد مهدی کرمانشاهی بود. سال ورود آخوند ملا محمدمهدی به یزد، روشن نیست چرا که ایشان به وسیله فتحعلی شاه از کرمانشاه به یزد تبعید شدند. تنها مدرکی که ما برای صدوقی بودن داریم و اینکه از نواده‌های مرحوم صدوق بزرگ می‌باشیم، همان لوح تاریخی جد بزرگ و جد دوم ماست که در لوح قبرشان این جمله هست: «الذی کان بالصدق نطوق کیف و هو من نجل الصدوق» کسی که به صدق و راستگویی سخن می‌گفت چگونه چنین نباشد و حال آنکه او از نسل صدوق باشد، و به این جهت نیز شهرت ما صدوقی است. بنده در سن 7 سالگی پدر و در سن 9 سالگی مادرم را از دست دادم و پسر عم و ابوزوجه ما مرحوم آمیرزا محمد کرمانشاهی سرپرست و قیم ما بود.»
از فضائل این شهید بسیار گفته اند و از عزم راسخش حکایت های فراوان برجای مانده و ساعت ها بحث را شایسته بیان روحیاتش می دانند. فعالیت هایش بعد از شهادت مرحوم آیت‌الله سیدمصطفی خمینی در ایران آغاز شده بود. در چهلم شهدای تبریز نیز در یزد در مسجدشان مجلس بزرگی به رهبری و هدایت اش تشکیل شد.
رهبر فرزانه انقلاب در وصف شهید صدوقی می فرمایند:«یکی از خصوصیات مرحوم صدوقی، خستگی‌ناپذیریش بود. آدمی نبود که بگوید: حالا بالاخره کار خودمان را کردیم و برویم گوشه‌ای بنشینیم. و هنگامی که عمل جراحی را روی چشم ایشان انجام داده بودند، ایشان از حالت بیماری در حقیقت از بیمارستان بیرون آمده بود. بنده روی علاقه‌ای که به ایشان داشتم، از ایشان خواهش کردم که چند وقتی در تهران بمانند. گفتم: خوب است، یزد نروید. ته دلم این فکر بود که ممکن است یزد برای ایشان مساله‌ای پیش بیاید و سوءقصدی بشود و گفتم: مصلحت نیست شما بروید یزد، در تهران باشید و استراحت کنید. ایشان شاید خیلی استدلال هم نمی‌کردند، ولی قبول نکردند، گفتند: می‌خواهم بروم یزد و به جبهه هم بروم که من به ایشان گفتم: شما خوب است اگر جبهه می‌روید، به طرف غرب بروید که آنجا هوایش در فصل بهار و اردیبهشت خوب است و جنوب نروید چون گرم است.
ایشان گفتند: تا ببینیم چه می‌شود. و ناگهان دیدیم ایشان سر و کله‌اش از جنوب پیدا شد و در حمله بیت‌المقدس حاضر بود و همه مردم در تلویزیون دیدند که ایشان چه رزمنده خستگی‌ناپذیری بود و دنبال کار بود و خستگی نداشت و یک خصوصیت دیگر ایشان که واقعا مهم بود، این بود که تسلیم و مطیع امام بود.
یک روز دو نفر از تهران پیش من، به یزد آمدند ( که یکی از آنها مطمئنا از طرف ساواک بود ) و گفتند که ما یک پیشنهادی برای شما داریم و آن پیشنهاد این است که : « شاهنشاه حاضر شدند ، تمام تشکیلات دولتی را در اختیار آقای خمینی بگذارند ، شما و دو نفر دیگر پیش آیت‌الله خمینی بروید و بگویید که هر چه هست به ایشان تفویض می‌کنم . هیئت دولت ، مجلسین ، ارتش و تمام تشکیلات دولتی را بدون کم و کسر در خدمت آیت‌الله خمینی قرار می‌دهیم ، منتهی به یک شرط که شاه باشد و این گونه باشد که " سلطنت کند نه حکومت " . » من مقداری فکر کردم و عاقبت گفتم : آمادگی خود را بعدا اظهار می‌کنم ( بعد معلوم شد که شهربانی و ژاندارمری و ساواک در این مسئله دخیل بوده‌اند) .
ما به شهربانی فرستادیم تا تذکره‌ای برای پاریس بفرستیم. تا پیغام رفت، بلافاصله تذکره سبزرنگی که نمی‌دانم به آن چه می‌گفتند (شاید به آن تذکره سیاسی می‌گفتند ) یک افسری آورد و دو دستی تقدیم کرد ، بعد از این ماجرا من به سوی قم حرکت کردم ، تا با اخوی امام حضرت آیت‌الله پسندیده تماس بگیرم و درباره این پیشنهاد با ایشان صحبت کنم. ایشان در جواب من درباره این موضوع گفتند: من آنها را پیش شما فرستادم، چندی پیش همین دو نفر به اینجا آمده بودند و از من چنین چیزی خواسته بودند و من، شما و آن دو نفر را معرفی کردم. من به ایشان گفتم:« آقای پسندیده، حالا واقع امر هر چه باشد ، اولا که امام صد درصد نمی‌پذیرند، به علاوه ما این طرف به سوی پاریس می‌رویم، رادیو و تلویزیون خواهد گفت: فلان کس و فلان کس از طرف "شاه" برای اصلاح رفتند، این دیگر آبروئی برای ما نمی‌گذارد . ایشان گفتند:" نه درباره شما چنین چیزی نیست ".
با این حال من استخاره کردم که برویم یا نرویم، استخاره این طور به ما نشان داد که فعلا صبر کنیم، من به یزد برگشتم. در این خلال ، پیغام‌هایی از طرف شاه به استاندار یزد داده شده بود که بیاید با ما ملاقات کند که من قبول نکردم ، دو سه روز بعد ، یکی از نزدیکان " آقا " تلفن کردند که:" شما بنا بود به پاریس بیایید، چه شد؟ گفتم: " معذورم نمایید " گفتند : " درباره تو این حرف‌ها اثری ندارد و امام مایلند که شما به پاریس بیایید و در ضمن ، آقای خامنه‌ای را هم به همراه بیاورید " . بعد از تلفن ، پشت ما دیگر گرم شد و فهمیدیم که چیزی نیست . هر چه خواستم با آقای خامنه‌ای تماس بگیرم ، نشد ، خودم با چند تن از دوستان من جمله آقای اعتمادیان به پاریس رفتیم . آنجا در خدمت امام ، ملاقات‌هایی انجام شد و همین صحبت‌ها را من با امام کردم ، قبلا هم سنجابی و بازرگان این حرف‌ها را زده بودند ، به امام عرض کردم که من نیامده‌ام که آن حرف‌ها را بزنم و از شما چیزی بخواهم و می‌دانم که شما هیچ‌گونه موافقتی در این مورد ندارید من باب سرگذشت عرض می‌کنم.
ایشان فرمودند:" بلی این‌ها (جبهه ملی و نهضت آزادی) شیطانند و باید ، شیطان از این‌ها درس بگیرد ، یک همچو نهضتی که در عالم نظیر نداشته ، در ایران شده است و آنها تمام هم‌شان بر این است که این نهضت شکست بخورد و پس از خوابیدن نهضت ، اگر ما بخواهیم چنین نهضتی را از نو تجدید کنیم ، صد در صد برای ما میسر نیست . و پس از آنکه نهضت خوابید و خودشان بر اوضاع و احوال مسلط شدند ، صد در صد بدتر از قبل عمل خواهند کرد . ثانیا بر فرض آنکه راست بگویند و تمام اختیارات را به ما واگذار کنند و شاه هم باشد که سلطنت کند ، نه حکومت ، آن وقت من جواب آن زنی که ظهر وقتی که سفره‌اش را پهن می‌کرده و دو سه تا جوانانش در کنارش بوده‌اند و با هم غذا می‌خوردند . حالا نگاه میکند و می‌بیند که هیچیک از جوانانش نیستند و همه شهید شدند . جواب این زن را چه بگویم ؟! و بگوید که جوان‌های ما را به کشتن دادند و خودشان رفتند و صلح کردند و آشتی نمودند ؟! نخیر ، جز آنکه شاه برود چیز دیگری نیست " .
و در آخر او برای مردمش پیغامی دارد: تنها پیامی که به ملت دارم این است که خود را به خدای خود بیشتر نزدیک کنند و تقرب به خدا را، مد نظر بگیرند و تمام کردار و اعمال و رفتارشان برای خدا باشد که تاکنون الحمدالله برای خدا بوده و برای خورد و خوراک و جاه و مقام نبوده است، فقط منظور الله و رسول گرامی و قرآن و دین و احکام دین باشد .
